La iglesia levantada sobre el templo abandonado por los templarios

En el siglo XII existía ya en el mismo lugar donde se levantó el actual templo una primitiva ermita dedicada a San Juan. El templo fue cedido a la Orden de San Juan del Temple hasta el siglo XIV cuando a los templarios, tachados de herejes, sodomitas y brujos, se les incautaron todos sus bienes, por iniciativa del rey Felipe IV de Francia, quien obligó al Papa Clemente V a dar también orden de prisión de los hermanos. Al ser suprimida la orden, en 1312 la iglesia pasó a ejercer la función de parroquia hasta 1841, año en el que, debido a su estado ruinoso, el templo se cerró al culto, siendo sustituido en su cometido por la del hoy desaparecido Convento de Nuestra Señora de Belén, el monasterio que vivió uno de los episodios más duros de la historia de la ciudad. En 1924 esta iglesia también se hundió y la parroquia se trasladó entonces a la Iglesia de San Esteban, actual Santuario Nacional.

El templo de San Juan Bautista fue derribado en 1842. Tuvieron que pasar más de noventa años para que se levantara uno nuevo sobre el mismo lugar. La primitiva iglesia constaba de tres naves y una pequeña torre; la actual consta de una sola nave con crucero y una torre campanario que se erige sobre la entrada al templo: el elemento más llamativo de la nueva edificación. El primer retablo mayor, de tres cuerpos, fue construido desde 1613 por Cristóbal Velázquez y sus hijos Francisco y Juan. Se piensa que a finales del siglo XVII se realizó uno nuevo. En la actualidad, en el crucero del lado del Evangelio, se encuentran los retablos de San José y de la Inmaculada Concepción; y en el crucero del lado de la Epístola hay un retablo del Sagrado Corazón de Jesús y otro de la Virgen del Carmen.

En el interior de la nave se pueden observar ocho grandes lienzos con escenas bíblicas, cuatro a cada lado. Son del siglo XVII y proceden de la Iglesia de la Pasión, actualmente reconvertida en sala de exposiciones. El recubrimiento interior de la nave es una armadura del tejado vista, a modo de artesonado. El templo está construido en un estilo ecléctico historicista -mezcla elementos de diferentes estilos y épocas de la historia del arte y la arquitectura-. Tiene un cierto aire mudéjar por la forma de utilización del ladrillo y algunas semejanzas con las construcciones románicas. En el lado izquierdo de la entrada se encuentra una capilla con el Cristo de las Injurias y una pila bautismal. El ábside, se encuentra presidido por una gran relieve del bautismo de Jesús, copia realizada en el siglo XVIII de un original de Gregorio Fernández.